ASAMBLEA
Cada dos años se reúnen las iglesias afiliadas en una asamblea donde se toman las decisiones que definen el rumbo de la Confederación. Allí se consideran y aprueban programas con sus estrategias que serán llevados a cabo durante los próximos años.
JUNTA ADMINISTRATIVA
Se integra por el presidente de la CEB, el secretario ejecutivo, nueve miembros elegidos por Asamblea y los presidentes de las áreas. Se convoca cada dos meses, para llevar a la práctica los asuntos encomendados por la Asamblea y determinar los lineamientos generales de los temas ministeriales y legales.
COMITÉ DIRECTIVO
Se reúne una vez al año. Participan los representantes de las asociaciones regionales, étnicas o por afinidad de todo país. Es un espacio enriquecedor, donde se comparte el avance y las limitaciones de la obra en la Argentina, en un intercambio directo con la Junta Administrativa y las áreas ministeriales de la CEB.